"Ao no Flag" sigue a Taichi Ichinose, un estudiante de secundaria que, tras reencontrarse con su amiga de la infancia, Touma Mita, y la tímida Futaba Kuze, se ve envuelto en un triángulo amoroso. Mientras Futaba intenta acercarse a Touma con la ayuda de Taichi, él enfrenta sus propios sentimientos complicados, llevando a un viaje emocional de amistad, amor y autodescubrimiento en su último año de secundaria.